Die seltene Doppelbegabung als Pianistin und Cellistin hat sich bei Elena Gaponenko schon sehr früh geäußert: Sie begann im Alter von vier Jahren, zwei Instrumente zu spielen. Ihre Ausbildung verlief von Anfang an professionell. Mit neun Jahren trat sie zum ersten Mal als Solistin mit Orchester auf. Sie wurde an beiden Instrumenten an den berühmtesten Spezialschulen in Moskau unterrichtet, danach folgte das Studium in Deutschland und in den Niederlanden. Anschließend absolvierte sie das Konzertexamen im Fach Klavier und im Fach Violoncello (»cum laude«).
Sie ist Preisträgerin internationaler Wettbewerbe und konzertierte in den letzten 20 Jahren als Solistin und Kammermusikerin bei vielen international angesehenen Festivals, Konzertreihen und in renommierten Sälen. Als eine progressive Pädagogin doziert Elena Gaponenko seit 2008 an verschiedenen Hochausbildungsstätten in Europa, u.a. in Wien, Berlin, Frankfurt am Main, Düsseldorf und Bremen.
Elena Gaponenko versteht sich als eine Art »Dolmetscherin«; bei ihren Begegnungen mit der Zuhörerschaft geht es um die Vermittlung der Philosophie von Komponist und Komposition und dem Zugang zur Musik für jeden Menschen.